Il museo sorge fuori dalla città moderna sul poggio di San Nicola, nel sito di un monastero medioevale prima cistercense e poi francescano, di cui ingloba alcune strutture adeguatamente restaurate. Progettato dall'architetto museografo Franco Minissi, è stato inaugurato nel 1967 e intitolato a Pietro Griffo, soprintendente alle antichità di Agrigento, che con tenacia ne volle e ne seguì la realizzazione.
Terzo Museo Archeologico Nazionale della Sicilia, dopo Palermo e Siracusa, raccoglie le testimonianze storico-archeologiche, dalla preistoria all'alto medioevo, delle antiche civiltà che sono giunte e si sono insediate nella zona centro-meridionale della regione. Passato negli anni Settanta del secolo scorso alle competenze della regione Sicilia, espone i reperti che provengono dagli scavi nel territorio di Agrigento e nelle province di Agrigento, Caltanissetta ed Enna, insieme alla collezione archeologica del Museo Civico agrigentino.
Le sue 17 sale offrono due percorsi, che possono anche essere visitati indipendentemente l'uno dall'altro: il primo (sale I-XI) espone le testimonianze della sola città di Akragas-Agrigentum,mentre il secondo (sale XII-XVII) propone i reperti che provengono dai territori agrigentini, nisseni ed ennesi.
