Il museo, inaugurato nel 1967 come Museo Archeologico Nazionale, raccoglie le testimonianze delle antiche civiltà della Sicilia centro-meridionale, dalla preistoria all'alto medioevo.

L'introduzione all’intero del percorso museale tramite fonti letterarie sulla storia e la topografia

La statuaria greca

Le necropoli nel territorio: i culti e le usanze funebri, i sarcofagi e i corredi

Il territorio agrigentino prima dei Greci: dalla preistoria alla protostoria; i siti di Palma di Montechiaro, Piano Vento e il santuario di Monte Grande.

L'occidente agrigentino: S. Angelo Muxaro (Camico), Ribera e le sue necropoli; le grotte cultuali di Monte Kronio e i corredi eneolitici di Tranchina.

L'ellenizzazione dell'Agrigentino: Eraclea Minoa, avamposto di Akragas; Monte Adranone tra Sicani ed Elimo-Punici; le terme romane di Vito Soldano.

Gela, madrepatria di Akrágas: la fondazione e l'espansione; un reperto e le immagini dei tesori custoditi nel museo della città.

Provincia di Enna: Montagna di Marzo (Erbesso), centro ellenizzato. Focus sulla Tomba 31: guerrieri, elmi e un raro vaso con iscrizione italica.